洁净厂房因其建筑和生产的特殊性，在火灾的发生和危险性方面不仅有其他一般生产厂房的特点而且也具有洁净厂房自身的特点，由于洁净厂房内生产工艺对厂房的密闭性能有着特殊要求，导致了洁净厂房主要存在以下几点火灾危险性。

一、火灾危险源多，火灾发生概率高
在医药、化工、电子等行业，以生产工序或生产流程的流水作业要求来划分功能的情况比较突出，这使某些危险工序或危险设备直接影响到建筑和人员。特别是一些使用原料或生产过程中产生的中间产品带有易燃易爆危险性的，无法从建筑构造或建筑布局中加以防范，使得厂房的火灾危险性大大增加。

二、洁净区域大，防火分隔困难
随着现代工业特别是电子工业类的飞速发展以及洁净技术的不断更新，洁净区的面积也不断增大。如某芯片生产企业根据工艺需求洁净区面积达近十万平方，穿孔楼板使工厂洁净区与原料设备区融为一体，洁净区又与送回风井道设计，高度达二十余米。对于此类超大型的洁净厂房，水平垂直防火分区分隔的设置困难重重。当发生火灾时，火灾产生的烟尘易蔓延至整个厂区，造成损害。

三、室内迂回曲折，人员疏散困难
随着洁净区面积的不断增大，对空气悬浮粒子浓度控制要求的不断提高，洁净厂房内工艺隔离措施、除尘防尘设施也不断增加。厂内走廊、通道的布置均要先满足工艺的要求，使得室内平面布置迂回曲折，人员疏散困难。大部分医药、电子、食品类洁净厂房属于劳动密集型厂房，特别是包装车间、装配车间等，大多是车间小、人员多，发生火灾也易造成群死群伤。